Для борьбы с воинственными прусскими племенами (пруссы — народ, родственный современным балтийским языкам), населявшими Балтийское побережье, польский король призвал на помощь духовно-рыцарский Тевтонский орден, который стал его вассалом. В задачу рыцарей входила христианизация местного прусского населения в рамках провозглашенного папой римским крестового похода.

В сильно опустошенной пруссами польской территории в устье Вислы Тевтонский орден в 1230 году основал свою первую крепость Торн (ныне Торунь). Оттуда они двинулись вниз по течению реки и создали к 1237 году новые опорные пункты Кульм, Мариенвердер и Эльбинг. Затем крестоносцы двинулись по побережью залива Фришгаф и в 1239 году основали там крепость Бальгу, а несколько лет спустя дальше к востоку на побережье залива Куришгаф — Лабкау.

Число рыцарей собственно Тевтонского ордена было невелико. По некоторым данным, в 1239 году их было всего 600 человек. Но им на помощь пришел ряд германских государств, пославших в Пруссию своих рыцарей или нанявших на свои средства отряды ландскнехтов для Тевтонского ордена. В частности, Эльбинг был колонией ганзейского города Любека, снабжавшего крепость всем необходимым. А маркграф Генрих Мейсенский подарил ордену два военных корабля «Пильгрим» и «Фриделанд». Он же вместе с маркграфом Бранденбургским, ландграфом Тюрингским, герцогом Брауншвейгским, епископом Мерзебургским и другими германскими феодалами участвовал в походах ордена, возглавляя собственные военные отряды.

В первую очередь были покорены прусские племена, жившие по течению Вислы: полизанцы, погезанцы и эрмландцы. В 1236 году у озера Сиргун (Сор-га) произошло первое крупное полевое сражение, в котором было разбито ополчение прусских племен. Постепенно Пруссия покрывалась сетью тевтонских крепостей.

Пруссы были обращены в податное сословие. В 1242 году они подняли восстание против завоевателей. Оно продолжалось одиннадцать лет. Пруссам не удалось овладеть тевтонскими крепостями, так как они не располагали никакой осадной техникой. Пруссам удалось одно крупное полевое сражение 23 ноября 1249 года при Крюкене, в ходе которого было убито 54 рыцаря Тевтонского ордена. Однако на помощь тевтонцам пришл и рыцарские отряды из Западной Европы.

В конце концов, с вождями большинства восставших племен удалось достичь мирного соглашения. Постепенно верхушка пруссов, приняв христианство, слилась с рыцарями ордена.

В 1254 году, сразу после подавления восстания, войско Тевтонского ордена, подкрепленное большим отрядом рыцарей чешского короля Оттокара, вторглось в Восточную Пруссию и основало в устье реки Прегель город Кенигсберг. Несколько ранее у устья Немана был основан Мемель. Этот порт обеспечивал связь с владениями ордена Меченосцев — будущего Ливонского ордена. Его члены в 1200 году вторглись на территорию современной Латвии ив 1201 году построили город Ригу. К концу 1220-х годов они покорили земли эстов, ливов и куров. От'их имен произошли названия трех основных областей Ливонского ордена — Курляндия, Эстляндия и Лифляндия.

Новое восстание пруссов вспыхнуло после того как 13 июля 1260 года при Дурбане войско литовцев разбило армию Ливонского ордена. При этом погибли 156 рыцарей во главе с магистром Бурхардом фон Горнгаузеном и маршалом ордена Генрихом фон Ботелем. Центр восстания лежал в областях Земландия, Натанген, Эрмландия, Погезания и Бартен, тогда как прусское население Померании осталось верным ордену. Теперь пруссы уже многому научились у своих противников-рыцарей и не раз одерживали над ними победы в открытом бою. Так, в битве при Лебау 13 июля 1263 года погибли вице-магистр Тевтонского ордена Гельмерих и 40 рыцарей, а также множество пехотинцев-кнехтов.

Один из предводителей повстанцев, Генрих Монте Натангенский, получил воспитание в Магдебурге, где и крестился, но потом опять вернулся к языческой вере предков. Он перенял боевые порядки и осадные орудия рыцарского войска Пруссам удалось захватить ряд орденских крепостей. Они часто строили против неприятельских укреплений свои временные деревянные крепости и, блокируя пути подвоза продовольствия, брали неприятеля измором. Но блокада не была плотной, и иногда гарнизоном удавалось прорваться, чтобы укрыться в более мощных соседних крепостях

Из крупных крепостей пруссам удалось захватить и разрушить Мариенвердер. Гарнизон Крейцбурга был почти полностью вырезан при попытке прорваться из города. Больше повезло гарнизону Визенбурга, который ушел в Польшу. Заметив его уход, вождь прусского племени бартов Диван бросился в преследование вместе с 13 всадниками. Это показывает, что численность как защитников укреплений, так и осаждающих порой составляла всего несколько десятков человек. Дивану удалось настичь тевтонцев, но в завязавшейся схватке он был ранен, после чего прусский отряд отступил.

Также и защитники Бартенштейна, выдержав четырехлетнюю осаду, сумели пробраться в Кенигсберг и Эльбинг. Осажденные в течение нескольких дней перед тем, как уйти из крепости, не показывались на стенах. У пруссов создалось впечатление, что рыцари уже ушли из Бартенштейна. Когда же осаждающие приблизились к крепости, то были встречены градом стрел и камней и понесли существенные потери. На следующий день рыцари действительно покинули Бартенштейн, оставив в городе одного своего раненого товарища. Он еще несколько дней звонил в колокол, поддерживая у противника уверенность, что тевтонцы еще в крепости. Когда пруссы раскрыли обман, было уже поздно, рыцари благополучно достигли Кенигсберга и Эльбинга.

Тевтонский орден не сумел удержать те крепости, которые находились во внутренних областях страны, далеко от побережья и судоходных рек. Но портовые крепости Мемель, Кенигсберг, Балга, Эльбинг, Торн и Кульм остались в руках рыцарей. Особенно тяжелую осаду выдержали Балга и Кенигсберг. Помощь ордену со стороны Польши также воспрепятствовала повстанцам освободить всю территорию страны. Пруссы навели мост на реке Прегеле, чтобы отрезать Кенигсберг от моря, однако рыцарям удалось разрушить его и восстановить морское снабжение крепости.

22 января 1262 года на помощь осажденным в Кенигсберге тевтонцам прибыли из Германии на судах отряды графов Юлиха и Берга, но пруссы их разбили и вынудили убраться восвояси. Только три года спустя с прибытием крупных контингентов рыцарских войск во главе с герцогом Брауншвейгским и ландграфом Тюрингским осада с Кенигсберга была снята, и Тевтонский орден перешел в наступление. Два предводителя пруссов, Генрих Монте Натангенский и Глаппе Эрмландский, были захвачены в плен и казнены. Диван Бартский погиб при осаде пруссами крепости Шензее. Еще один прусский военачальник, вождь племени зудавов (судинов) Скуманд ушел со св,о-ими людьми в Литву. Позднее он вернулся, принял христианство и признал власть Тевтонского ордена. Примеру Скуманда последовали и другие прусские вожди. Последние из них присягнули на верность ордену в 1283 году. Этот год и считается временем окончательного покорения Пруссии Тевтонским орденом.

Очень скоро потомки пруссов, принявшие христианство, германизировались. После ликвидации Тевтонского ордена в XVI веке потомки пруссов и тевтонцев, а также расселившихся в Пруссии выходцев из других германских земель образовали новую прусскую народность, говорившую уже на немецком языке.

Война Тевтонского ордена против пруссов фактически превратилась в войну европейского рыцарства, прежде всего из Германии, Чехии, а также Польши против «прусских язычников». Естественно, прусские племена, опиравшиеся лишь на поддержку Литвы, устоять против натиска крестоносцев со всей Европы не имели никакой возможности. Однако пруссы использовали тактику партизанской войны, старались совершать внезапные набеги или осаждали неприятельские крепости. С главными силами рыцарского войска прусское ополчение, конное и пешее, в схватку в открытом поле вступало редко. В боях этой войны обычно с каждой стороны было по несколько десятков, реже — по несколько сот воинов. Сравнительно невелики были и людские потери. В конце концов, пруссы достигли определенного компромисса с завоевателями, согласившись принять христианство и взамен получив равные права с пришельцами. Прусская племенная верхушка постепенно вошла в состав германского дворянства.