После начала Второй мировой войны обязательства, взятые Германией в отношении Прибалтики по секретному протоколу от 23 августа, уже не могли удовлетворить СССР. В Москве было признано необходимым принять дополнительные меры безопасности и заключить с Балтийскими странами дого-воры о взаимопомощи, предусматривающие размещение на их территории отдельных советских воин-ских частей. 31 августа 1939 г. председатель Совнаркома и нарком иностранных дел СССР В. М. Моло-тов выступил с заявлением, в котором отрицал наличие каких-либо договоренностей с Германией о раз-делении сфер государственных интересов. Предполагалось, что это внесет успокоение в политические крути Эстонии, Латвии и Литвы. Советская внешняя политика на прибалтийском направлении в то вре-мя имела ярко выраженный оборонительный характер, так как попытка советизации Прибалтики могла вызвать резкую реакцию Англии и Франции. Правда, на случай отклонения прибалтийскими республи-ками советского предложения о заключении пактов о взаимопомощи у Москвы имелась и военная аль-тернатива. До этого, однако, дело не дошло.

28 сентября 1939 г. состоялось подписание пакта о взаимопомощи между CCСP и Эстонской республикой. Договаривающиеся стороны брали на себя обязательства оказывать друг другу всяческую помощь, в том числе и военную, в случае нападения или угрозы нападения со стороны любой великой европейской державы. СССР также обязался оказывать Эстонии помощь поставками военных материа-лов на льготных условиях. Советский Союз получил право иметь на эстонских островах Сааремаа и Хийумаа, а также в портах Палдиски и Таллин базы военно-морского флота и несколько аэродромов на правах аренды. Протоколом предусматривалось, что общая численность советских гарнизонов в Эсто-нии на время идущей в Европе войны не будет превышать 25 тыс. человек. 5 октября состоялось подпи-сание пакта о взаимопомощи между СССР и Латвией. Текст его в основном совпадал с текстом советско-эстонского соглашения. 10 октября был заключен договор о взаимопомощи между Советским Союзом и Литвой. Согласно протоколу Литве передавалась ее древняя столица Вильно (Вильнюс), захваченная Польшей в 1920 г. и отошедшая к СССР в сентябре 1939 г. Численность советских войск в Литве определялась цифрой в 20 тыс. человек. Почти одновременно с подписанием пактов о взаимопо-мощи Советский Союз возобновил торговые соглашения с прибалтийскими странами. Советские по-ставки приносили им бесспорные экономические выгоды.

Политика невмешательства Москвы во внутренние дела Прибалтики в это время прослеживалась очень четко. Молотов, например, требовал прекратить там "всякие заигрывания и общения с левыми кругами". В одном из документов, адресованном работникам советского полпредства и военному атта-ше в Литве, он строго указывал: "Категорически воспрещаю вмешиваться в межпартийные дела в Лит-ве, поддерживать какие-либо оппозиционные течения и т. д. Малейшая попытка кого-либо из вас вмешаться во внутренние дела Литвы повлечет строжайшую кару на виновного... Следует отбросить как провокационную и вредную болтовню о советизации Литвы". В приказе наркома обороны от 25 октября 1939 г., отданном в связи с вступлением частей РККА в Прибалтику, от личного состава требова-лось "ни в коем случае не вмешиваться во внутренние дела" Эстонии, Латвии и Литвы, а любые разговоры среди военнослужащих о "советизации" этих стран должны были пресекаться "самым бес-пощадным образом". Придерживаться подобной линии Москву заставляло то, что страны Прибалтики имели дружественные отношения с Англией и Францией. Более активные действия СССР в этом регио-не могли быть расценены в Лондоне и Париже как враждебные и направленные против великих евро-пейских держав. Неопределенность ситуации в ходе войны в Европе заставляла сталинскую дипломатию до определенного момента не форсировать события.

Ситуация резко изменилась к лету 1940 г. Быстрая победа Германии в весенней кампании 1940 г. на" Западном фронте означала, что Гитлер получал свободу действий в отношении СССР. Появлялась реальная угроза воплощения в жизнь тезиса фюрера: "Если я достигну своих целей на Западе - я круто изменю свой курс и нападу на Россию. Никто не сможет удержать меня от этого". При сложившихся обстоятельствах СССР необходимо было подумать об укреплении своих западных оборонительных ру-бежей. В понимании Сталина и его ближайшего окружения это означало включение новых территорий в состав СССР и последующее размещение там советских войск.

К лету 1940 г. в прибалтийских республиках были сформированы просоветские правительства. 21-22 июля сеймы Литвы и Латвии и Государственная дума Эстонии приняли декларации о государст-венной власти и о вхождении этих стран в состав СССР. 3-6 августа 1940 г. Верховный Совет СССР, заслушав заявления специально направленных в Москву полномочных представителей этих стран, при-нял законы о вступлении Латвии, Литвы и Эстонии в состав Союза ССР в качестве союзных республик.